Programプログラム（医科・歯科）
大学病院と市中病院のいいとこどり！ スタンダードプログラムコース（Ａ・Ｂコース）
スタンダードプログラム（Ａコース）
※ 2年目にたすきがけ研修を行う場合は、研修先のプログラムを準用して、必修科目及び選択科目を履修する。
大学病院から研修をスタートするプログラムです。豊富な指導体制の下、まずはじっくりと学びます。
１年次の特徴として内科、救急のほかに麻酔科２ヶ月間も必修科目となっていることがあげられます。２年次は協力病院または大学病院で研修します。
スタンダードプログラム（Bコース）
※ 1年目にたすきがけ研修を行う場合は、研修先のプログラムを準用して、必修科目を履修する。
市中病院（協力病院）から研修を始めるプログラムです。（１年次に大学病院を選択することも可能です。）
地域第一線の現場で豊富な症例と向き合い、まずは実践力を養い、２年次は大学病院で研修します。
小児科医・産婦人科医を目指すあなた！ 周産期重点コース（小児科・産科）
周産期重点プログラム（小児）
※ 1年目にたすきがけ研修を行う場合は、研修先のプログラムを準用して、必修科目を履修する。
※ 地域医療研修（8週）は、福井愛育病院で行う。
小児診療をしっかりと学びたい方向けのプログラムです。１年次は大学病院と市中病院（協力病院）のいずれかで研修し、２年次は大学病院で研修します。大きな特徴は、２年次必修科目の救急と地域医療を福井愛育病院で研修することです。
周産期重点プログラム（産科）
※ 1年目にたすきがけ研修を行う場合は、研修先のプログラムを準用して、必修科目を履修する。
※ 地域医療研修（8週）は、福井愛育病院で行う。
産婦人科診療をしっかりと学びたい方向けのプログラムです。１年次は大学病院と市中病院（協力病院）のいずれかで研修し、２年次は大学病院で研修します。大きな特徴は、２年次に大学病院で周産期診療部（産科・ＮＩＣＵ）が２ヶ月間必修科目となっていることです。
広域連携型プログラムコース（C・Dコース）
広域連携型プログラム Cコース（たすきがけ協力病院：京都府外）
（岐阜大学医学部附属病院（1名）、三重県立志摩病院（1名）、朝日大学病院（1名））
※ 広域連携型プログラム病院（10月～3月：24週以上）は各研修先プログラムの選択科目を履修する。
広域連携型プログラム Dコース（たすきがけ協力病院：京都府内）
（附属北部医療センター（2名）、京都中部総合医療センター（1名）、京都山城総合医療センター（2名））
※ 広域連携型プログラム病院（10月～3月：24週以上）は各研修先プログラムの選択科目を履修する。
臨床研修と基礎研究の両立！ 基礎研究医プログラム
基礎研究医プログラム
臨床研修と基礎研究の両立を目指すプログラムです。他のプログラムと同様、必修科目を大学病院で研修します。大きな特徴は、基礎医学教室で２４週のローテートを行い、基礎研究や論文指導を受けることができます。
※一般外来研修は、総合診療科、内科または地域医療研修時に並行研修にて行う。
歯科診療はもちろん、教育・研究も！ 歯科臨床プログラム
歯科臨床プログラム
４～５月は基本研修として、医局・外来・ 病棟のオリエンテーション、病棟勉強会、ファントム実習、相互実習、症例検討会、英語論文抄読会などを行います。
６月以降は、応用研修として、基本研修に加え、副直（当直担当と2名体制）、外来患者担当、入院患者担当が割り当てられます。
（参考）歯科医師臨床研修の到達目標