| 番号 | 協定先 | 締結年月日 | 協定の名称又は内容 |
| 1 | 同志社大学 | 2003年12月24日 | 学術交流包括協定 |
| 2 | 立命館大学 | 2005年3月28日 | 学術交流包括協定、研究交流協定 |
| 3 | 京都薬科大学 | 2006年3月27日 | 学術交流包括協定、研究交流協定 |
| 4 | 2006年10月20日 | 連携に関する包括協定 | |
| 5 | 京都産業大学 | 2007年2月16日 | 学術交流包括協定 |
| 6 | 明治鍼灸大学 | 2007年5月11日 | 学術交流包括協定 |
| 7 | 2011年7月25日 | ヘルスサイエンス系の教育研究の連携に関する協定 | |
| 8 | 京都ノートルダム女子大学 | 2012年4月27日 | 連携に関する包括協定 |
| 9 | 京都学園大学 | 2013年1月9日 | 連携に係る包括協定 |
| 10 | 京都府教育委員会 | 2014年8月5日 | 協定 |
| 11 | 2015年3月2日 | 関西公立医科大学・医学部連合に関する協定書 | |
| 12 | （株）国際電気通信基礎技術研究所 | 2016年3月9日 | ヘルスケア・医療分野等における相互協力に関する包括協定 |
| 13 | 京都造形芸術大学 | 2016年3月9日 | 連携に係る包括協定 |
| 14 | 2016年7月7日 | 地域創生に関する包括連携・協力に関する協定 | |
| 15 | 2018年3月26日 | 連携に係る包括協定 | |
| 16 | （独）地域医療機能推進機構 | 2021年11月26日 | 地域医療・資源（知的、人的、物的）・人材育成等に係る連携・交流を促進する包括協定 |
| 17 |
（公財）大阪観光局
京丹後市
（一社）京都府北部地域連携都市圏振興社 京丹後地域本部
|
2023年9月26日 | 健康長寿を活かした交流人口拡大連携協定 |
